Mağaraların önemli bölümü bilimsel araştırmalarla incelenememiş durumdadır. Herhangi bir köy ya da kasabaya uğrak verdiğinizde size bir mağaradan söz etmeleri olağandır. Niğde için incelenen ve turizme açılacağı söylenen Niğde Değirmenli Kasabası Damlataş Mağarası, 23.06.1994 yılında doğal SİT alanı ilan edilmesine rağmen halen gezilememektedir.
1992 yılında SİT alanı ilan edilen Yedi Odalar mağaraları, 1991 yılında SİT alanı ilan edilen Kayırlı Pınarcık Mağarası, Kale Yamacı Mağarası gibi bilinen yerlerde turizme kazandırılamamıştır. Altunhisar ilçesinde, Aktaş bölgesinde, Kayardı bölgesinde, Karaltı ve Dikilitaş gibi yerlerdeki mağaralar çok eski bir geçmişin izlerini de taşıyor. Bolkar Dağları’nda, 200’e yakın mağara’da özellikleri ile irdelenmeyi beklemektedir. Niğde merkez Ballı köyünde de ilginç bir mağara var.
Mağarada geçmişten kalan iskelet kalıntıları dikkat çekiyor. Mağarada yaz-kış damlayan bir suda söz var. Mağaranın derin bir dehlize açılan kısmı ise bilinmezliğini koruyor. Köy halkından köyde mağaranın içine girenler İki delik bulunan mağarada bir yerden sonra ışığın söndüğünü anlattılar. Mağara içinde bir taşa bastıklarını ve
Ballı'da yer alan su mağarasında, ayrıca yaz-kış çok soğuk bir su bulunduğunu ve bu suya dokunmanın dahi sorun olduğu da ifade ettiler. Ballı birden çok kere gittim. Kilise çevresinde çok sayıda dehlizde var. Bilimsel bir kazı olmadı. Kemik dolu mağara ise son gittiğimde önemli ölçüde kemikleri götürüldüğünü gördüm ayrıca mağara duvarından bir bölüm açılmış ve kovuk şeklinde çıkan yerden sanki bir şeyler alınmış gibi geldi. Yüzeysel değil derinliğine bölgede Bilimsel bir inceleme şart. Bir ara MTA Niğde Bolkarlar’da Dünyada ses getireceği söylenen mağara araştırması da vardı ama gazete haberlerinden öte bir haber çıkmadı.